江西省科学院微生物研究所成立于1981年,2017年6月,经江西省机构编制委员会办公室批准增挂江西省流域生态研究所。现有微生物代谢与应用、流域生态、生物防治与检测和环境毒理学四个重点学科团队:重点开展工业微生物资源开发与应用、流域污染治理与生态保护、农业微生物与食品安全和新型持久性有机污染物风险与控制等方面的基础应用研究,服务于地方社会经济发展的科学研究机构。
全所共有职工70人,具有高级职称27人(其中正高8人),中级职称34人,初级职称9人。现有博士35人,硕士15人。柔性引进杰青(优青)等国家级人才5名。自建所以来,共承担国家及省级重点科研攻关课题170余项,承担完成委托开发项目60余项,获科研成果130余项,授权国家专利80余项。获国家自然科学三等奖1项,获省部级科技奖一等奖2项、二等奖4项、三等奖6项,在sci/ei等国内外学术刊物发表学术论文共640余篇。